自99學年度起，本所整合「音像動畫研究所」與「音像藝術管理研究所」正式更名為「動畫藝術與影像美學研究所」，設立「動畫藝術組」與「影像美學組」，分別授予藝術碩士（MFA）與文學碩士（MA）學位。

「動畫藝術組」（分為「動畫創作」、「互動媒體」兩主修），授予藝術碩士（MFA），動畫創作為動態影像創作的重要本體，培育年輕世代的影像動畫創作及研究人才，發展本國影像文化藝術。因應當前新科技的發展，於107學年度另闢互動媒體主修，運用沈浸式影像（VR、AR）、新媒體藝術（互動多媒體、機械動力、聲音）、科技劇場（光雕、參與式劇場、沉浸式聲場），實踐科技藝術的創作。

影像美學組授予文學碩士（MA）學位，致力於現當代影像在歷史、美學、理論與文化的教學與研究，尤其關注影像美學研究與發展趨勢，包括文本分析、創作探討，美學風格論述、電影產業、影展實務與文化等面向。培養學生影像美學欣賞與評論、批判意識與視覺文化之解讀能力，並為獨立製片、文創產業，和社區媒體教育創造生存和發展新空間。