自99學年度起，本所整合「音像動畫研究所」與「音像藝術管理研究所」正式更名為「動畫藝術與影像美學研究所」，設立「動畫藝術組」與「影像美學組」，分別授予藝術碩士（MFA）與文學碩士（MA）學位。

「動畫藝術組」（分為「動畫創作」、「互動媒體」兩主修）培育兼具本土文化思想與國際視野的動畫創作與科技藝術人才，強化當代動態藝術在實驗技藝的開發、新科技及互動藝術之運用；而「影像美學組」（分為「影像美學」、「劇情影片」兩主修）則培養兼備中外影像藝術知識與鑑賞品味的評論、拍攝及研究人才，凸顯美學、歷史、文化、科技、產業及理論等領域的詮釋與推廣之專業能力。

本所秉持專業性，創新性與跨域性的目標，以「動畫創作與新媒體為藝術之本，影像評論與拍攝為實踐之力」作為教學宗旨與核心目標，建立兼融動畫、互動媒體及電影藝術實踐之高等教育機構。